I Malawi samarbetar EFS med den evangelisk-lutherska kyrkan (ELCM). Den bildades 1982 och har ca 150 000 medlemmar och leds av en biskop. Huvuddelen av medlemmarna finns på landsbygden.

Barn- och ungdomsverksamheten, bland annat scouting och körer, är en viktig del av församlingslivet. Kyrkan har även ett omfattande diakonalt arbete.

EFS bidrar till ELCMs verksamhet genom ett generellt stöd till kyrkan.