I Eritrea samarbetar EFS med den evangelisk-lutherska kyrkan (ELCE). Dess evangelisations- och församlingsverksamhet är koncentrerat till de centrala delarna av landet, med kyrkans huvudkontor i Asmara. ELCE har cirka 18 000 medlemmar och ett fyrtiotal präster och leds av en kyrkopresident.

De delar av ELCE:s verksamhet som specifikt stöds av EFS är:

• Radioevangelisation
• Prästutbildning i Beleza
• Hantverksutbildning för kvinnor och skolhem för flickor på högstadiet och gymnasiet i Mendefera

Evangeliska kyrkan i Eritrea (ECE) bildades 1926 som ett resultat av EFS missionsverksamhet i landet. År 2006 gick ECE samman med den lilla lutherska kyrkan i Eritrea (LCE) och bytte då namn till Evangelical Lutheran Church of Eritrea (ELCE). Eritrea är det första land som EFS sände missionärer till. De tre pionjärerna Carlsson, Kjellberg och Lange ankom till Massaua i mars 1866.